Se suele recurrir a este análisis cuando un paciente tiene una diarrea aguda persistente, dolor abdominal, fiebre y/o náuseas después de seguir un tratamiento con antibióticos.

Puede solicitarse también cuando se desarrollan estos síntomas en 6-8 semanas después de tomar antibióticos, varios días después de la quimioterapia o cuando el paciente ya tiene un trastorno gastrointestinal crónico y su médico sospecha que está exacerbándose por una infección por Clostridium difficile. Además,  puede solicitarse para ayudar a diagnosticar la causa de una diarrea frecuente, cuando un paciente tiene leucocitosis y/o sangre en heces y no es posible detectar otra causa (como parásitos u otra bacteria patógena).

Se recoge una muestra de heces en un contenedor estéril. Una vez recogida debe llevarse al laboratorio en menos de una hora o mantenerla refrigerada y transportarla al laboratorio lo antes posible. El contenedor ha de etiquetarse con el nombre del paciente y la fecha y hora de recogida de la muestra.